Schritte Zum Reparieren Von Autodock Runtime

Autodock Vina ist viel schneller und gründlicher (je nach System). Nach den meisten wird das Netzwerk intern geladen und dementsprechend ist das Andocken viel besser. Genauere Lastberechnungen können auch zu besseren Liegeplatzergebnissen führen und wären auch rechnerisch aufwendiger. Autodock Vina ignoriert benutzerspezifische Gebühren.

Ich habe MGL-Tools, 4-5 autodock.Suite inklusive und pyMOL installiert und bin Discovery Studios auf meinem Rechner. Ich folge den Schritten aller grundlegenden Autodock-Tutorials. Und wenn ich schließlich Autogrid starte und mit meiner Maus auf deine aktuelle Run-Schaltfläche klicke, bekomme ich ein spezielles Python-Fehlergefühl, das wir nicht alle verstehen.

Python 2.5.2 Februar (r252: 60911, 18.) 2008 13:11:45) [MSC v.1310 zweiunddreißig Bit (Intel)] verfügbar auf Win32

< p > Geben Sie “Copyright”, “Credits” hauptsächlich wegen “license()” für mehr Aufmerksamkeit ein.

***************************************** * **** ***** 4. ********************

Personal Firewall-Angebot kann vor IDLE warnen

Zugriff auf ihren Teilprozess mit Hilfe der interne Schleife der jeweiligen PC-Schnittstelle

. Diese Romanze erscheint auf keiner Messoberfläche

und es werden keine Berichte gesendet, die aus dem Internet abgerufen werden können.

************ ( Leerzeichen ) *** ************************* ************************* 6. **

IDLE 1.2.2 ==== Nein ====

>>> Unterprozess, der die Gasteiger-Nutzlast hinzufügt, die Empfänger möglicherweise erhalten

FEHLER * **** ***************** 1 . * ********************

Tracking (letzter Anruf zuletzt):

Datei “C : Program Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib site-packages ViewerFramework VF.py “, Zeile B 898 try

Ergebnis gleich Befehl (* args, ** kw) < /p>

Welche Bewertung kann AutoDock Vina verwenden?

AutoDock Vina verwendet tatsächlich die Single-Atomic-Write-Funktion; H. eine, die nur Ihre fettleibigen Atome versteht. Daher bleibt die Position weiterer Wasserstoffatome an der Allee willkürlich.

file” C:Program Files (x86)MGLTools-1.5.6libsite-packagesAutoDockToolsautostartCommands.py”, Zeile 964, richtig brauchen Sie

ps entspricht Unterprozess .Popen (args)

Datei” C: Program Files (x86) MGLTools- 1.5.6 lib subprocess.py”, Zeile 594, in __init__

errread,” C: Program errwrite)

File Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib subprocess. Py “, Zeile 816, _exe cute_child

startupinfo)

WindowsError: [Error 2] Das System bietet die angegebene Datei nicht

Startseitemgl-admin2021-09-03T22: 54: vierundzwanzig + 00: 00

AutoDock Vina ist auch ein reiner Open-Source-Molekular-Docking-Plan. Es wurde ursprünglich von Dr. Oleg Inrott vom Molecular Graphics Laboratory (jetzt CCSB) Scientific Research London Scripps Institute entwickelt, entworfen und implementiert.

Die beliebteste Version von AutoDock für Vina war 1.2.0.

autodock runtime

AutoDock Vina gilt als einer der mit Spannung erwarteten Magnetmotoren des AutoDock-Pakets.

Das Bild links zeigt das wichtigste Endergebnis des flexiblen Andockens (grün), das wiederum die Kristallstrukturen zeigt, die mit (a) Indinavir, (b) Atorvastatin, (c) Imatinib, anschließend (d) Oseltamivir, mit oder sogar individuellen Zielen verbunden, die jedem alternativen Freund überlagert sind. … …

Veröffentlichungen

Wenn Sie Vina Autodock bei Ihrer Arbeit verwendet haben, bitte Versicherungsprämie:

Funktionen

Präzision

Vina Autodock verbessert die durchschnittliche Vorhersagegenauigkeit dieses allgemeinen Ankermodus gegenüber AutoDock-Dokumenten erheblich, wie unsere Tests in Kombination mit dem Trainingssatz zeigen, mit dem AutoDock 4 erstellt wurde. [*]

Darüber hinaus wurde AutoDock Vina unabhängig und gegen den Virtual Screening Standard, Lure Directory, Watowwich Group, getestet und wurde als “starker Konkurrent zu allen anderen Softwareprodukten” anerkannt und ist in vielen Fällen an der Spitze der Pack. ” Sollte wie markiert endenBeachten Sie, dass die verbleibenden 8 positiv abgestimmten Hotelprogramme weiterhin im Handel erhältlich sind.

Kompatibel mit AutoDock-Tools

Für zusätzliche Eingaben und folglich Ausgaben verwendet Vina das gleiche PDBQT-Molekülstrukturdateiformat. von AutoDock. PDBQT-Dateien können erstellt werden (interaktiv oder im Stapel) und angezeigt werden, wer MGLTools hat. Andere Dateien, wie die Bereitstellung von Präsentationen wie Autodock- und AutoGrid-Bereichen (GPF, DPF) und Rasterkartendokumenten, sind normalerweise nicht erforderlich.

< br>Genauigkeit des wichtigsten Linkvorhersagemodus in der gesamten Testsuite. “AutoDock” bezieht sich auf AutoDock 4 und “Vina” bezieht sich auf AutoDock, um Ihnen mit Vina definitiv zu helfen.

Benutzerfreundlichkeit

Der ideologische Hintergrund von Vinas Design erfordert überhaupt keine Person, die Details seiner Implementierung, spezifizierte unverständliche Suchparameter, Cluster-Ergebnisse plus / oder, in Vielleicht hat er komplexe Algebra (Quaternionen) verstanden. Vermutlich werden nur diese speziellen Strukturen benötigt, die mit den verankerten Verbindungen assoziiert sind, und eine neue Spezifikation des Suchraums in der Bindungsstelle zu beachten. Es ist einfach nicht mehr notwendig, Stromnetze und / oder Karten zu berechnen, die Atomladungen benennen. Eine Nutzungszusammenfassung wird mit “ vina --assist ” gedruckt. Der Lebenslauf bleibt automatisch erhalten, wenn er mit den möglichen Verwendungsanzügen synchronisiert wird.

Ausführungsqualität

  • Designbedingt sollte das Ergebnis nicht genau von der Konformation abweichen, die der Eingabestruktur zugeordnet ist.
  • Wir überprüfen die Syntax des Pfads rigoros und weisen alle wichtigen Benutzer auf Fehler hin.
  • Die Invarianz zwischen den Längen kovalenter Verbindungen wird automatisch in den Häusern des Endergebnisses überprüft.
  • Vina vermeidet es, künstliche Beschränkungen wie die Anzahl der Atome in diesen Eingaben, die Anzahl der Umdrehungen, die tatsächliche Größe der Sucharena, die Gesamtvollständigkeit der Suche usw. aufzuerlegen.

Flexible Seitenketten

autodock runtime

Wie bei AutoDock 4 gibt es derzeit viele seitliche Empfängerschaltungen, die bei flexibler Handhabung beim Andocken ausgewählt werden können.

Geschwindigkeit

Wie fängt man mit AutoDock an?

AutoDock-Berechnungen erfolgen in mehreren Schritten: 1) Vorbereitung hinter Dokumenten für die Koordinatenaufzeichnung mit AutoDockTools, 2) Vorberechnung der fischer-Kennlinien mit AutoGrid, 3) Andocken jedes der Liganden mit AutoDock und 4) historische Verarbeitung der Ergebnisse mit AutoDockTools. Schritt 1 – Bereiten Sie eine Show-Style-Datei vor.

AutoDock Vina ist normalerweise um Größenordnungen schneller als AutoDock 4. [*]

Mehrere Prozessoren und Kerne

Darüber hinaus könnte Vina mehrere Prozessoren oder angeschlossene Prozessorchips als Kernstück Ihres Setups verwenden, um die Ausführungszeiten drastisch zu verkürzen.

Globales Gitter

Qualifizierte Projekte in der Nähe können AutoDock Vina-Methoden kostenlos auf dem massiv gleichwertigen World Community Grid ausführen. Bestehende Projekte, die AutoDock Vina verwenden, umfassen Projekte zur Behandlung von AIDS, Malaria, Leishmaniose und Bilharziose. Einige der Pläne, die zunächst über 50 Jahre gemittelt wurden, stellen eine Berechnung pro Tag dar.


Durchschnittliche Zeit im Rezeptorliganden jedes Treffers im Testkit. “AutoDock” mit entspricht dem AutoDock von 4, wenn es zu “Vina” AutoDock zu Vina 0 hinzufügt.

Lizenz

AutoDock Vina wird mit einer sehr freizügigen Apache-Lizenz veröffentlicht, begleitet von wenigen Einschränkungen für die potenziell nicht-kommerzielle Nutzung in der Produktion und unseren Derivaten. Den Text dieses Führerscheins finden Sie wahrscheinlich hier.

Fragen, Probleme oder Vorschläge?

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Wie organisieren Sie Vina AutoDock?

Laden Sie MGLTools herunter. Grundsätzlich können Sie jetzt die ZIP-Datei oder jedes andere großartige neue Installationsprogramm von MGLTools herunterladen.Überall von Autodock Vina herunterladen. Herunterladen .Installieren Sie MGLTools. Doppelklicken Sie auf die Download-Datei.Installieren Sie Autodock Vina. Doppelklicken Sie auf die heruntergeladene und erstellte MSI-Datei.Zapusd Autodock Vina.

AutoDock Vina ist eine Art spezielle Open-Source-Molekül-Andockphase. Es wurde wahrscheinlich ursprünglich von Dr. Oleg Inrott für das Molecular Graphics Laboratory (jetzt CCSB) am Scripps Research Institute entworfen, aber implementiert.

Autodock Runtime
Vremya Vypolneniya Avtodokinga
Tempo De Execucao Do Autodock
Temps D Execution Autodock
Autodock Runtime
Tempo Di Esecuzione Dell Autodock
오토독 런타임
Autodock Runtime
Tiempo De Ejecucion De Autodock
Kortid For Autodockning

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