Autodock 런타임 복구 단계

Autodock Vina는 시스템에 따라 훨씬 빠르고 스캐너입니다. 결국, 일반적으로 네트워크는 내부적으로 로드되며 도킹이 훨씬 낫다고 말하고 싶습니다. 보다 구체적인 하중 계산은 더 나은 계류 결과로 이어질 수 있으며 계산적으로 더 비쌉니다. Autodock Vina는 사용자가 지정한 수수료를 무시합니다.

저는 MGL-Tools, 4-5 autodock.Suite multiple 및 pyMOL을 설치했으며 제 컴퓨터에 Discovery Studios입니다. 번거롭지 않은 autodock 자습서의 단계를 따르고 있습니다. 그리고 마지막으로 Autogrid를 실행하고 마우스로 실행 버튼을 클릭했을 때 특별한 Python 오류 메시지를 활용하여 우리 모두가 이해할 수 없었습니다.

Python 2.5.2 2월(r252: 60911, 18.) 2007 1:11:45 PM) [MSC v.1310 32위 비트(Intel)] on win32

“저작권”, “크레딧” 및 “라이센스()”를 입력하여 자세한 정보를 확인하십시오.

********************************************** * **** ***** ( space ) ********************

개인 방화벽 패키지는 IDLE에 대해 매우 잘 경고할 수 있습니다. p>

이 PC 인터페이스의 내부 루프를 사용하여 하위 프로세스에 액세스할 수 있습니다.

. 이 연결은 외부 컴퓨터 소프트웨어에 나타날 수 없으며 인터넷에서 검색할 수 있는 데이터가 전송되지 않습니다.

************ 6 . *** ************************** ********************* *** * **

IDLE 1.2.2 ==== No ====

>>> 수신기가 찾을 수 있는 Gasteiger 페이로드를 제공할 수 있는 하위 프로세스

오류 ***** ****************** ( 공백 ) * *******************

추적(마지막 호출 마지막):

파일 “C: Program Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib site-packages ViewerFramework VF.py “, 라인 B 898 시도

결과 = 획득 (* args, ** kw)

AutoDock의 스코어링 기능 비나 사용?

AutoDock Vina는 실제로 대부분의 단일 원자 쓰기 기능을 사용합니다. H. 그것은 당신의 큰 원자만 이해합니다. 따라서 출구에서 수소와 가장 많이 관련된 위치는 영원히 임의적으로 나타납니다.

파일” C: Program Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib site- packages AutoDockTools autostartCommands .py “, 964행, 여기서 고객은

ps가 하위 프로세스 .Popen(args)과 동일해야 합니다.

File” C: Program Files (x86) MGLTools- 1.5.6 lib subprocess.py 전체 ., 594행, __init__

errread,” C: Program errwrite)

File Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib subprocess . Py ‘, line 816, _exe cute_child

startupinfo)

WindowsError: [오류 2] 시스템에 우리가 지정한 파일이 없습니다

<섹션>

홈 페이지mgl-admin2021-09-03T22: 54: 24 + 50: 00

AutoDock Vina는 오픈 소스 분자 도킹 전용 프로그램입니다. 이것은 원래 Molecular Graphics Laboratory(현재 CCSB) Scientific Research London Scripps Institute의 Oleg Inrott 박사에 의해 개발되었으며 설계 및 구현되었습니다.

AutoDock of Vina의 가장 인기 있는 버전은 1.2.0이었습니다.

autodock runtime

AutoDock Vina는 AutoDock 패키지와 관련된 매우 기대되는 엔진 중 하나입니다.

왼쪽 스타일은 (a) indinavir, (b) atorvastatin, (c) imatinib, 따라서 (d) oseltamivir와 함께 결정 구조를 보여주는 유연한 도킹(녹색)의 완전한 결과를 보여줍니다. 그들의 개인 목표는 서로 겹쳐져 있습니다. … …

간행물

작업에 Vina Autodock을 사용한 경우 다음을 인용하십시오.

기능

<테이블 가독성 데이터 테이블은 "0">을 의미합니다.<본체>

정밀도

Vina Autodock은 AutoDock 4를 개발하는 데 사용된 가장 중요한 훈련 세트로 테스트한 결과 AutoDock 4에 비해 caudillo 앵커 모드의 평균 예측 정확도를 상당히 향상시켰습니다. [*]

삽입 및 독립적으로 AutoDock Vina는 Virtual Screening Standard, Lure Directory, Watowwich Group에 대해 잠시 테스트되었으며 “다른 모든 프로그램에 대한 강력한 플레이어”로 인식되었으며 대부분의 경우 가장 일반적으로 상위에 있습니다. 팩과 관련이 있습니다. ” 항상 표시되어야 합니다. 긍정적으로 일치하는 나머지 8개의 접객 소프트웨어 패키지는 상용으로 사용할 수 있습니다.

AutoDock 자료와 호환

추가 입력 및 결과를 위해 Vina는 동일한 PDBQT 분자 구조 파일 형식을 사용합니다. AutoDock에서. PDBQT 파일은 MGLTools를 사용하여 수집(대화식으로 일괄 처리)하고 볼 수 있습니다. Autodock 및 AutoGrid 설정(GPF, DPF) 및 그리드 맵 파일과 같은 프레젠테이션과 같은 다른 파일은 일반적으로 일반적으로 필요하지 않습니다.


전체 평가 제품군에서 웹 주소 예측 모드의 정확도. “AutoDock”은 AutoDock 2를 나타내고 “Vina”는 Vina 1에 대한 도움말의 AutoDock을 나타냅니다.

사용 용이성

Vina 디자인의 이데올로기적 배경은 당신이 볼 수 있는 사람, 구현의 세부 사항, 포괄적이지 않은 검색 매개변수, 클러스터 결과 및 각각에 대해 또는 아마도 그가 알고 있었던 복잡한 대수학(쿼터니언)을 이해하는 데 필요한 것이 아닙니다. 아마도 일반적으로 필요한 고정된 분자와 관련된 아키텍처 및 결합 사이트와 관련하여 검색 공간 내의 새로운 사양이 필요할 것입니다. 더 이상 그리드를 계산하고 결과적으로 핵 전하를 할당하는 지도를 계산할 필요가 없습니다. 사용 요약은 “ vina --help “로 인쇄할 수 있습니다. 이력서는 가능한 사용 사례와 자동으로 동기화된 상태로 유지됩니다.

실행 품질

<울>

  • 패턴에 따라 결과는 입력 구조라고 하는 i와 관련된 구조에서 확실히 벗어나지 않아야 합니다.
  • 우리는 더 중요한 사용자에게 명확하게 플래그 오류를 표시하는 항목의 구문을 신중하게 평가합니다.
  • 공유 결합의 길이에 대한 불변성은 일반적으로 최종 결과와 함께 구조에서 자동으로 확인됩니다.
  • Vina는 지혜에 있는 대부분의 원자 수, 회전 수, 검색 영역의 명확한 크기, 전체 검색 완전성 등과 같은 인위적인 제약을 제거합니다.
  • 유연하고 바람직하지 않은 체인

    autodock runtime

    AutoDock 4와 마찬가지로 도킹 시 관리하기 쉬운 처리를 위해 선택할 수 있는 Receiver가 생성하는 많은 측벽이 있을 것입니다.

    <테이블 가독성 데이터 테이블은 "0">과 같습니다.<본체>

    속도

    AutoDock을 어떻게 해야 합니까?

    AutoDock 계산은 1) AutoDockTools를 사용하여 좌표를 기록하기 위한 개인 파일 준비, 2) AutoGrid 사용을 생성하는 피셔 유사성 예비 계산, 3) AutoDock을 사용하여 모든 리간드 도킹, 4) AutoDockTools를 사용하여 결과의 ​​백그라운드 처리 등 여러 단계 내에서 수행됩니다. . 1단계 – 좌표 파일을 준비합니다.

    AutoDock Vina는 일반적으로 AutoDock 4보다 강도가 몇 배 더 빠릅니다. [*]

    다중 프로세서 코어

    또한 Vina는 시스템 코어 내부에 여러 프로세서 또는 연결된 프로세서를 구현할 수 있으므로 실행 시간을 크게 줄일 수 있습니다.

    글로벌 그리드

    검증된 커뮤니티 프로젝트에서 대규모 병렬 World Community Grid에서 무료로 AutoDock Vina 계산을 실행할 수 있습니다. AutoDock Vina를 사용하는 기존 프로젝트에는 AIDS, 말라리아, 리슈만편모충증 및 주혈흡충증 퇴치를 위한 프로젝트가 포함됩니다. 50년 이상 동안 평균을 낸 계획과 관련된 일부는 하루에 하나의 공식을 나타냅니다.


    테스트 키트 전체에서 각 쌍의 가장 중요한 수용체 리간드의 평균 시간. “AutoDock”은 Vina 1에 대한 “Vina” AutoDock 외에 4개의 AutoDock이 필요한 경우에 해당합니다.

    라이센스

    AutoDock Vina는 생산 또는 비상업적 용도 및 파생 제품에 대한 몇 가지 제한 사항이 있는 새로운 고도로 허용되는 Apache 라이센스 하에 출시될 것입니다. 현재 이 라이센스의 텍스트를 얻을 수 있습니다.

    질문, 문제 또는 제안?

    이 월드 와이드 웹 사이트를 방문하십시오.

    Vina AutoDock을 어떻게 실행합니까?

    MGL 도구를 다운로드합니다. 기본적으로 MGLTools에서 zip 파일이나 편리한 새 설치 프로그램을 얻을 수 있습니다.Autodock Vina에서 다운로드하십시오. 다운로드 .MGLTools를 설치합니다. 다운로드 파일을 두 번 클릭하기만 하면 됩니다.오토독 비나를 설치합니다. 다운로드를 두 번 클릭하고 msi 파일에 넣습니다.자푸스드 오토독 비나.

    AutoDock Vina는 특별한 오픈 소스 분자 도킹 프로그램입니다. 아마도 원래 Oleg Inrott 박사와 Scripps Research Institute와 함께 Molecular Graphics Laboratory(현재 CCSB)에 의해 설계되고 널리 사용되었을 것입니다.

    Autodock Runtime
    Vremya Vypolneniya Avtodokinga
    Tempo De Execucao Do Autodock
    Temps D Execution Autodock
    Autodock Runtime
    Tempo Di Esecuzione Dell Autodock
    Autodock Laufzeit
    Autodock Runtime
    Tiempo De Ejecucion De Autodock
    Kortid For Autodockning

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