Stappen Om Autodock Runtime Te Repareren

Autodock Vina is ongetwijfeld veel sneller en schoner (afhankelijk van het systeem). Het zendmastnetwerk wordt immers intern belast en deze docking is veel beter. Nauwkeurigere probleemberekeningen kunnen ook leiden tot grotere afmeerresultaten en zijn potentieel rekenkundig duurder. Autodock Vina houdt geen rekening met door de gebruiker gespecificeerde vergoedingen.

Ik verkrijg geïnstalleerde MGL-Tools, 4-5 autodock.Suite 2 met pyMOL en ik ben Discovery Studios op mijn computer. Ik ben op zoek naar de stappen van de eenvoudige autodock-tutorials. En als ik eindelijk een nieuw item Autogrid heb en met mijn muis op de Control-toets Uitvoeren klik, krijg ik je speciale Python-foutmelding die ons bedrijf niet allemaal begrijpt.

Python 2.5.2 februari (r252:60911, 18.) 2009 13:11:45) [MSC v.1310 32 late bit (Intel)] op win32

Enter “copyright”, “credits” veel “licentie ()” voor meer informatie.

***************************************** * **** ***** * *********************

Persoonlijke firewall-pakket kan informeren over IDLE

maak het gemakkelijk voor toegang tot zijn subproces met behulp van de interne hoofdlus van deze pc-ventilatie

. Deze verbinding verschijnt op geen enkele externe haven

en er worden ook geen gegevens verzonden die mogelijk van internet kunnen worden gehaald.

*********** ( blanco ) *** ************************* * ************************** * **

IDLE 1.2.2 ==== Nee ====

>>> Subproces dat Gasteiger-payload toevoegt die ontvangers kunnen opvangen

FOUT ***** ******************** * 6 . ****************

Tracking (Laatste oproep Laatste):

Bestand “C: Program Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib site-packages ViewerFramework VF.py “, regel B 898 inspanning

resultaat = aankoop (* args, ** kw)

Welke scores gebruikt AutoDock Vina?

AutoDock Vina gebruikt eigenlijk de rechttoe rechtaan atomaire schrijffunctie; H. een die alleen je zware atomen begrijpt. Daarom is de positie van de meeste van de waterstofatomen bij de uitlaat willekeurig.

bestand” C: Program Files (x86) MGLTools-1.5.6 lib domain-packages AutoDockTools autostartCommands .py “, regel 964, hier zou je moeten hebben

ps = subprocess .Popen (args)

Bestand” C: Program Files (x86) MGLTools- 1.5.6 lib subprocess.py “, bel 594, in __init__

errread,” C: Program errwrite)

Bestandsbestanden (x86) MGLTools-1.5.6 lib subprocess . Py “, bond 816, _exe cute_child

startupinfo)

WindowsError: [Fout 2] Het systeem bevat niet het geïdentificeerde bestand

Startpaginamgl-admin2021-09-03T22: 54: 24 + 00: dubbele nul

AutoDock Vina is een programma voor het alleen heropenen van moleculaire docking. Het moet oorspronkelijk zijn ontwikkeld door Dr. Oleg Inrott van het Molecular Graphics Laboratory (nu CCSB) Scientific Research London Scripps Institute, ontworpen en geïmplementeerd.

De best populaire versie van AutoDock voor Vina was 1.2.0.

autodock runtime

AutoDock Vina komt uit alle langverwachte engines van het AutoDock-pakket.

De afbeelding links vooraan toont de eindconclusie van flexibele koppeling (groen), die de kristalstructuren van (a) indinavir, (b) atorvastatine, (c) imatinib inwerkt, waarna (d) oseltamivir, geassocieerd met hun individuele lokaliseert, gesuperponeerd op elkaar vriend. … …

Publicaties

Als u Vina Autodock overal op uw werk heeft gebruikt, citeer dan alstublieft:

Functies

precisie

Vina Autodock verbetert de algemene voorspellende nauwkeurigheid van de algemene veilige modus aanzienlijk ten opzichte van AutoDock 4, zoals geverifieerd door onze tests met de trainingsset die is gebruikt om AutoDock 4 te ontwikkelen. [*]

Bovendien is AutoDock Vina, zowel onafhankelijk als onafhankelijk, getoetst aan de Virtual Screening Standard, Lure Directory, Watowwich Group, en wordt het al tijden erkend als “een sterke concurrent van alle andere programma’s en” in veel gevallen bij de bovenaan zonder twijfel het peloton. ” Moet worden gemarkeerd. Houd er rekening mee dat de resterende 8 gastvrijheidsprogramma’s die positief waren afgestemd, commercieel beschikbaar zijn op de markt.

Compatibel met AutoDock-middelen

Voor extra invoer en uitvoer gebruikt Vina hetzelfde PDBQT-bestandsformaat voor moleculaire instellingen. van AutoDock. PDBQT-versies kunnen worden verzameld (interactief of in batch) en bekeken met MGLTools. Andere bestanden, zoals presentaties zoals een Autodock en AutoGrid-instellingen (GPF, DPF) en rasterkaartbestanden, zijn bijna altijd overbodig.


Nauwkeurigheid van de link-ideemodus over de hele testselectie. “AutoDock” verwijst naar AutoDock 4 daarnaast verwijst “Vina” naar AutoDock om u te helpen met Vina 1.

Gebruiksgemak

Het ideologische verleden van Vina’s ontwerp gebruikt geen persoon om de variaties van de implementatie ervan te begrijpen, onbegrijpelijke opzoekparameters in te stellen, resultaten te clusteren en / evenals, in Misschien kende hij complexe geometrie (quaternionen). Waarschijnlijk zijn alleen de structuren die verband houden met de verankerde moleculen vereist, en een nieuwe specificatie van de algemene zoekruimte met betrekking tot die bindingsplaatsen. Het is niet uitgebreid nodig om roosters en/of kaarten te berekenen die atoomuitgaven toewijzen. Een gebruiksoverzicht kan op het scherm worden afgedrukt met “ vina --help “. Het cv blijft automatisch synchroon met de mogelijke use-cases.

Kwaliteit van uitvoering

  • Door het ontwerp zou het exacte resultaat niet exact moeten afwijken via de conformatie die hoort bij de sleutelstructuur.
  • We controleren de algemene syntaxis van de invoer zorgvuldig en signaleren fouten sterk aan de meest krachtige gebruikers.
  • De invariantie tussen deze lengtes van covalente bindingen wordt snel gecontroleerd in de structuren van je huidige eindresultaat.
  • Vina vermijdt ontzagwekkende kunstmatige beperkingen, zoals de verscheidenheid aan atomen in de invoer, het aantal beurten van een persoon, de daadwerkelijke pasvorm van het zoekgebied, de algehele volledigheid van de details, enz.

Flexibele sneeuwkettingen aan de zijkant

autodock runtime

Net als bij AutoDock 4 zijn er zeer zijwanden Ontvangercircuits die het meest kunnen worden geselecteerd voor flexibele doorschakeling bij het aanmeren.

snelheid

Hoe werkt een persoon AutoDock?

AutoDock-berekeningen worden in een groot aantal fasen uitgevoerd: 1) voorbereiding van documenten met opnamecoördinaten met behulp van AutoDockTools, 2) huwelijksceremonieplannen, berekening van fischer-overeenkomsten met AutoGrid, 3) docking van alle liganden met behulp van AutoDock, en 4) achtergrondverwerking gerelateerd aan resultaten met behulp van AutoDockTools. Stap bijzonder – Bereid een coördinatenbestand voor.

AutoDock Vina is doorgaans sneller dan AutoDock 4. [*]

Meerdere processors / cores

Bovendien kan Vina verschillende processors of aangesloten processors in de kern van uw systeem gebruiken om de uitvoeringstijden snel te verkorten.

Wereldwijd raster

Gekwalificeerde communityprojecten gaan AutoDock Vina-berekeningen uitvoeren voor release op het massaal parallelle World Community Grid. Bestaande projecten die AutoDock Vina gebruiken, zijn onder meer projecten ter bestrijding van aids, malaria, leishmaniasis en schistosomiasis. Sommige van deze plannen, die gemiddeld meer dan 50 jaar bedragen, vertegenwoordigen één berekening per dag.

< br>Gemiddelde tijd van de receptorligand van elk paar in de hele testkit. “AutoDock” komt overeen met AutoDock van 4, daarnaast wanneer u AutoDock moet “Vina” naar Vina 1.

Licentie

AutoDock Vina zal worden vrijgegeven onder een buitengewoon tolerante Apache-licentie met weinig beleid voor productie of niet-commercieel gebruik, gecombineerd met onze afgeleide producten. Elke tekst van deze licentie vindt u hier.

Vragen, problemen of suggesties?

Bezoek deze site.

Hoe gebruik je Vina AutoDock?

Download MGLTools. In principe kunt u dit zipbestand of een geweldig nieuwste installatieprogramma van MGLTools downloaden.Downloaden van Autodock Vina. downloaden.Installeer MGLTools. Dubbelklik op het huidige downloadbestand.Installeer Autodock Vina. Dubbelklik eenvoudig op het gedownloade en geïnstalleerde msi-bestand.Zapusd Autodock Vina.

AutoDock Vina is een speciaal dockingprogramma voor het behouden van uw Windows-bronmolecuul. Het kan waarschijnlijk oorspronkelijk zijn ontworpen en geïmplementeerd door Dr. Oleg Inrott van het Molecular Graphics Laboratory (nu CCSB) bij een deel van het Scripps Research Institute.

Autodock Runtime
Vremya Vypolneniya Avtodokinga
Tempo De Execucao Do Autodock
Temps D Execution Autodock
Autodock Runtime
Tempo Di Esecuzione Dell Autodock
오토독 런타임
Autodock Laufzeit
Tiempo De Ejecucion De Autodock
Kortid For Autodockning

Similar Posts